Dopo aver completato
Final Fantasy III nel 1990, la
Square pianificò lo sviluppo di due capitoli di Final Fantasy: uno per la
Nintendo Famicom (NES) e l'altro per la
Super Famicom (SNES), che sarebbero stati chiamati rispettivamente Final Fantasy IV e Final Fantasy V. A causa di vari contrasti finanziari e di programmazione, la Square dovette rinunciare al gioco per Famicom e continuò lo sviluppo di quello per la Super Famicom rinominandolo Final Fantasy IV. Inoltre, venne prodotto uno screenshot del modello del titolo cancellato per una rivista giapponese, ma di altre informazioni ce ne sono molto poche.
Lo sviluppo di
Final Fantasy IV venne diretto dal designer
Takashi Tokita, suo primo progetto alla Square come impiegato a tempo pieno. Prima di questo, Tokita voleva fare carriera come attore teatrale, ma lavorare sul gioco lo ha convinto a diventare un "grande creatore" di videogiochi. Inizialmente, anche
Hiromichi Tanaka, il principale designer di
Final Fantasy III, fu coinvolto nello sviluppo dei gioco. Ad ogni modo, Tanaka voleva creare un sistema di battaglia omogeneo, che non avesse, la schermata di battaglia separata e che non fosse basato su menu,
ma visto che Final Fantasy IV non era su quella direzione,
ha cambiato invece i team di sviluppo a lavorare sul
RPG "
Secret of Mana". Il team di sviluppo di Final Fantasy IV era formato da quattordici persone in tutto, e il gioco venne completato all'incirca in un anno.